氯己定為陽離子型表面活性防腐劑，具有廣譜抗菌作用。其作用機制是改變細菌細胞膜的通透性。其為消毒防腐藥。某些葡萄球菌、變異鏈球菌、唾液鏈球菌、白念珠菌、大腸埃希菌和厭氧丙酸菌對其高度敏感，嗜血鏈球菌中度敏感，變形桿菌屬、假單胞菌屬、克雷伯桿菌屬和革蘭陰性球菌（如韋永球菌屬）低度敏感。其對革蘭陽性和陰性菌的抗菌作用，比苯扎溴銨等消強。本品在血清、血液等存在時仍有效。本品的作用機制為吸附于細菌胞漿膜的滲透屏障，使細胞內容物漏出而發揮抗菌作用。低濃度有抑菌作用，高濃度則有殺菌作用。